Ringkasan jurnal
ilmiah
Skrining Bakteri Vibrio Sp. Asli Indonesia sebagai
Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik 16S Ribosomal DNA
Feliatra
Felix*, Titania T Nugroho**, Sila Silalahi*, dan Yuslina Octavia*
Penyakit udang merupakan salah satu penghambat produksi udang,
salah satunya yaitu serangan bakteri Vibrio
sp. yang dapat menyebabkan
kematian massal pada budidaya udang. Udang yang terserang Vibrio umumnya ditandai dengan gejala klinis,
dimana udang terlihat lemah, berwarna merah pucat, antena dan kaki renang
berwarna merah. Bakteri ini merupakan jenis patogen yang menginfeksi dan
menyebabkan penyakit pada saat kondisi udang lemah dan factor lingkungan
ekstrim. Penanggulangan serangan Vibrio perlu dilakukan deteksi bakteri jenis Vibrio yang tepat, karena dalam suatu
perairan berbeda memiliki keragaman spesies Vibrio yang berbeda pula. Teknologi
yang digunakan yaitu mampu mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik sekuen
16S rDNA. Skrinning bakteri menggunakan teknik sekuens 16S rDNA merupakan suatu
teknik mengidentifikasi suatu spesies organisme. Teknik ini dilakukan dengan
menganalisa struktur/susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16S DNA. Basis
data bakteri genus vibrio terus berkembang dengan penemuan-penemuan spesies
baru . Basis data tersebut dapat diakses di Gen Bank.Dalam artikel ini, penelitian bertujuan untuk mengetahui spesies
bakteri Vibrio sp. asli Indonesia yang menyebabkan
penyakit pada udang windu di lokasi budidaya tambak, dan memperkaya gen dan
basis data di Gen Bank dunia. Metode penelitian yang digunakan adalah
eksperimen, dengan melakukan isolasi dan identifikasi morfologi dan kimia
bakteri Vibrio sp. Ciri udang yang diambil yakni
bergerak lambat terhadap respon yang diberikan, lemah, dan memiliki warna yang
lebih pucat dibandingkan udang yang lain. Selanjutnya dilakukan penanaman
bakteri pada media TCBS. Setiap koloni berbeda yang diperoleh direinokulasi
sebanyak tiga ulangan menggunakan media TSA. Penyimpanan isolat bakteri Vibrio dilakukan pada suhu 4°C dalam
refrigator dan siap untuk digunakan pada pengujian selanjutnya.
Pengamatan dilakukan secara langsung dengan mengidentifikasi secara morfologi antara lain : bentuk sel, warna koloni, ukuran koloni dan tipe koloni. Selain itu, uji coba biokimia juga dilakukan terhadap uji bakteri. Uji morfologi maupun uji biokimia yaitu : Pewarnaan Gram, Pertumbuhan pada Medium TSI Agar, Uji Katalase, uji Oksidase, Uji Metil Red, Isolasi DNA Vibrio, Reaksi Polimerisasi Berantai, Elektroforesis dan Pengamatan Hasil PCR, Purifikasi Gel Elektroforesis, Sekuensing dan Analisis BLAST, Analisis BLAST dilakukan dengan mengedit urutan DNA hasil sekuensing dengan menterjemahkan N menjadi basa sesuai elektroferogram. Urutan DNA dicopy ke program Notepad. Selanjutnya dilakukan penelusuran melalui website http://www.ncbi.nih.nlm.gov/. Data yang diperoleh dari hasil sekuensing dianalisis menggunakan teknik BLAST, paket program Clustal X, Genedoc, Treeview dan Bioedit. Kemudian hasil analisis disajikan secara deskriptif dalam bentuk tabel dan gambar. Berdasarkan hasil isolasi Vibrio dari udang, air tambak dan air laut menggunakan medium agar TCBS diperoleh 7 isolat bakteri Vibrio yang murni dengan memperhatikan warna, bentuk dan ukuran koloni. Untuk memudahkan dalam mengidentifikasi selama penelitian, ketujuh isolat tersebut diberi kode A, B, C, D, E, F, dan G. Pada pengkulturan selanjutnya, media yang digunakan adalah agar TSA Merck. Ketujuh isolat yang diteliti memiliki koloni isolat bakteri berbentuk koma. Semua isolat Vibrio menunjukkan hasil oksidase dan katalase positif. Uji menggunakan medium agar TSI untuk memperlihatkan terjadinya fermentasi glukosa dan sukrosa serta gas H2S menghasilkan semua isolat adalah Glukosa positif sedangkan untuk sukrosa, A, C dan E adalah negatif dan sisanya adalah positif.
Sistem BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) melalui situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dapat mencari nama spesies, persentase homologi DNA hasil sekuens. Hasil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) melalui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, menunjuk-kan bahwa kelima strain adalah Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. Hal ini diyakini bahwa bakteri-bakteri tersebut memiliki persamaan sekuens melebihi 97% dari yang ada pada gen Bank Dunia. Sedangkan dua strain lain sudah diyakini merupakan genus Vibrio sp, tetapi spesiesnya belum diketahui. Strain keenam memiliki kesamaan sebesar 93% dengan bakteri Vibrio 6G2. Sedangkan strain ketujuh memiliki persentase homologi 94% dengan beberapa kandidat bakteri yang disebut sebagai Uncultured bacteriu. Hal ini di duga bahwa kedua strain tersebut merupakan spesies Vibrio asli Indonesia yang belum ada dalam gen bank Dunia, karena memiliki persamaan sekuens antara 93%-97%, sehingga dapat mewakili identitas pada tingkat genus tetapi berbeda pada tingkat spesies.
Penyejajaran (Allignment) sekuens sampel dengan sekuens dari basis data Gen Bank dilakukan menggunakan program Clustal X. Pohon filogenetik berfungsi untuk menunjukkan hubungan kekerabatan dari setiap spesies yang dilihat berdasarkan karakteristik molekuler antar spesies maupun antar strain dalam spesies yang sama. Dari ketujuh isolat dapat dilihat tingkat kekerabatan dari bakteri Vibrio sp yang ada, kelima isolat sudah dipastikan merupakan isolat yang sudah ada, tetapi isolat G dan Isolat H dari hasil sekuensing dan pohon philogenetik tidak merupakan dari bakteri Vibrio sp yang sudah ada. Tetapi dari hasil morfologi dan hasil uji biokimianya menunjukkan bahwa isolat G dan H merupakan suatu bakteri dari genus Vibrio, oleh karena itu dapat disimpulkan secara sementara bahwa isolat G dan H adalah bakteri spesies baru dari Vibrio. Dari hasil penelitian tersebut didapat bahwa isolat bakteri yang berhasil diidentifikasi dengan menggunakan analisis 16S rDNA dari perairan Indonesia (kepulauan Bengkalis, Sumatera dan dari tambak di Jepara, Jawa), lima strain diantaranya sudah terdaftar secara internasional pada gen Bank Dunia, yaitu Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. dengan tingkat homolog diatas 97%, sedangkan dua strain diantaranya merupakan strain yang belum terdaftar secara Internasional dalam gen bank dunia, dan ini diyakini merupakan Vibrio sp asli Indonesia.
Sumber : Felix,F,T.T.Nugroho,S.Silalahi dan Y.Octavia.Skrining Bakteri Vibrio Sp Asli Indonesia sebagai Penyebab Penyakit Udang Berbasis Tehnik 16s Ribosomal DNA.Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis.3(2):85-99.
Pengamatan dilakukan secara langsung dengan mengidentifikasi secara morfologi antara lain : bentuk sel, warna koloni, ukuran koloni dan tipe koloni. Selain itu, uji coba biokimia juga dilakukan terhadap uji bakteri. Uji morfologi maupun uji biokimia yaitu : Pewarnaan Gram, Pertumbuhan pada Medium TSI Agar, Uji Katalase, uji Oksidase, Uji Metil Red, Isolasi DNA Vibrio, Reaksi Polimerisasi Berantai, Elektroforesis dan Pengamatan Hasil PCR, Purifikasi Gel Elektroforesis, Sekuensing dan Analisis BLAST, Analisis BLAST dilakukan dengan mengedit urutan DNA hasil sekuensing dengan menterjemahkan N menjadi basa sesuai elektroferogram. Urutan DNA dicopy ke program Notepad. Selanjutnya dilakukan penelusuran melalui website http://www.ncbi.nih.nlm.gov/. Data yang diperoleh dari hasil sekuensing dianalisis menggunakan teknik BLAST, paket program Clustal X, Genedoc, Treeview dan Bioedit. Kemudian hasil analisis disajikan secara deskriptif dalam bentuk tabel dan gambar. Berdasarkan hasil isolasi Vibrio dari udang, air tambak dan air laut menggunakan medium agar TCBS diperoleh 7 isolat bakteri Vibrio yang murni dengan memperhatikan warna, bentuk dan ukuran koloni. Untuk memudahkan dalam mengidentifikasi selama penelitian, ketujuh isolat tersebut diberi kode A, B, C, D, E, F, dan G. Pada pengkulturan selanjutnya, media yang digunakan adalah agar TSA Merck. Ketujuh isolat yang diteliti memiliki koloni isolat bakteri berbentuk koma. Semua isolat Vibrio menunjukkan hasil oksidase dan katalase positif. Uji menggunakan medium agar TSI untuk memperlihatkan terjadinya fermentasi glukosa dan sukrosa serta gas H2S menghasilkan semua isolat adalah Glukosa positif sedangkan untuk sukrosa, A, C dan E adalah negatif dan sisanya adalah positif.
Sistem BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) melalui situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dapat mencari nama spesies, persentase homologi DNA hasil sekuens. Hasil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) melalui http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, menunjuk-kan bahwa kelima strain adalah Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. Hal ini diyakini bahwa bakteri-bakteri tersebut memiliki persamaan sekuens melebihi 97% dari yang ada pada gen Bank Dunia. Sedangkan dua strain lain sudah diyakini merupakan genus Vibrio sp, tetapi spesiesnya belum diketahui. Strain keenam memiliki kesamaan sebesar 93% dengan bakteri Vibrio 6G2. Sedangkan strain ketujuh memiliki persentase homologi 94% dengan beberapa kandidat bakteri yang disebut sebagai Uncultured bacteriu. Hal ini di duga bahwa kedua strain tersebut merupakan spesies Vibrio asli Indonesia yang belum ada dalam gen bank Dunia, karena memiliki persamaan sekuens antara 93%-97%, sehingga dapat mewakili identitas pada tingkat genus tetapi berbeda pada tingkat spesies.
Penyejajaran (Allignment) sekuens sampel dengan sekuens dari basis data Gen Bank dilakukan menggunakan program Clustal X. Pohon filogenetik berfungsi untuk menunjukkan hubungan kekerabatan dari setiap spesies yang dilihat berdasarkan karakteristik molekuler antar spesies maupun antar strain dalam spesies yang sama. Dari ketujuh isolat dapat dilihat tingkat kekerabatan dari bakteri Vibrio sp yang ada, kelima isolat sudah dipastikan merupakan isolat yang sudah ada, tetapi isolat G dan Isolat H dari hasil sekuensing dan pohon philogenetik tidak merupakan dari bakteri Vibrio sp yang sudah ada. Tetapi dari hasil morfologi dan hasil uji biokimianya menunjukkan bahwa isolat G dan H merupakan suatu bakteri dari genus Vibrio, oleh karena itu dapat disimpulkan secara sementara bahwa isolat G dan H adalah bakteri spesies baru dari Vibrio. Dari hasil penelitian tersebut didapat bahwa isolat bakteri yang berhasil diidentifikasi dengan menggunakan analisis 16S rDNA dari perairan Indonesia (kepulauan Bengkalis, Sumatera dan dari tambak di Jepara, Jawa), lima strain diantaranya sudah terdaftar secara internasional pada gen Bank Dunia, yaitu Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, Vibrio shilonii, dan Vibrio vulnificus. dengan tingkat homolog diatas 97%, sedangkan dua strain diantaranya merupakan strain yang belum terdaftar secara Internasional dalam gen bank dunia, dan ini diyakini merupakan Vibrio sp asli Indonesia.
Sumber : Felix,F,T.T.Nugroho,S.Silalahi dan Y.Octavia.Skrining Bakteri Vibrio Sp Asli Indonesia sebagai Penyebab Penyakit Udang Berbasis Tehnik 16s Ribosomal DNA.Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis.3(2):85-99.
lihat selengkapnya pada link dibawah ini
0 komentar:
Posting Komentar